1ファイルM単位になって、DOMを使用しているとパフォーマンスを気にするようになってくる。標準ライブラリのw3c系では、限界があるので、XMLをDB同等に扱う(内部Index管理）DOM4Jが最適ではないかと思う。ただ、使用するのにいくつかの壁を乗り越えなくてはならない。標準がゆえに、アプリケーションサーバで、いくつかのライブラリがバッティングし、バージョンが異なるために、DOM4jを使用することができない場合がある。
SAXとDOMを使い分けるのは、面倒のため、何とか、このDOM4Jだけ使用たいが、中々難しいものである。